به استناد ماده 13 اساسنامه پژوهش سراهای دانش آموزی ( که به شماره 28/420 مورخ 14/11/1381 به سازمان های آموزش و پرورش ابلاغ گردیده است ) و به منظور تمهید مقدمان لازم جــهت اجـرای دقـیق امـور در هر یک از مراحل تاسیس، تجهیز، اداره و انجام فعالیت های پـژوهش سـراهای دانش آموزی، شیوه نامه زیر ابلاغ می گردد. امید است با دقت نظر، جدّیت و پی گیری مسئولین امر، شاهد شکل گیری اصولی و تحقق اهداف پـژوهش سـراهای دانش آموزی در سراسر کشور باشیم.
 
الف ) کلیات
1 ـ پـژوهش سـراهای دانش آموزی به منظور تحقق اهداف مندرج در ماده 2 اساسنامه مربوط، تأسیس و راه اندازی می شوند، لذا فراهم نمودن ساز و کارهای لازم برای اصول به اهداف مذکور، لازمه هر گونه درخواست تأسیس است.
2 ـ خــط مـشی ها و سـیاست گذاری های کـلان در راستای تحقق اهداف پـژوهش سـراهای دانش آموزی در سراسر کشور توسط معاونت آموزش و پرورش نظری و مهارتی وزارت تعیین و ابلاغ می گردد  
3 ـ در سال جاری، پـژوهش سـراها در مراکز استان ها و مناطق بزرگ آموزشی کشور دایر خواهد شد و توسعه ان ها در سنوات آتی، منوط به تأمین کامل شرایط، اعتبارات و نیز ارزیابی مثبت از عملکرد پـژوهش سـراهای دایر شده در هر استان می باشد.
4 ـ روسای محترم سازمان های آموزش و پرورش پس از صدور مجوز تأسیس نسبت به تشکیل شورای برنامه ریزی پژوهش سراهای استان بر طبق ماده 5 اساسنامه اقدام و در خصوص انجام وظایف تعیین شده در بند « ب » همین ماده اهتمام جئی نمایند.
5 ـ لازم است مناطق آموزشی که مجوز تأسیس پـژوهش سـراهای دانش آموزی دریافت می دارند، طـبق مـاده 6 اسـاسنامه نـسبت بـه تشکیل کمیته برنامه ریزی منطقه اقدام نمایند و بر اساس بند « ب » این ماده نسبت به انجام وظایف تعیین شده اهتمام جدی مبذول دارند.
 
ب ) راه اندازی             
1 ـ بر اساس ماده 10 اساسنامه، مناطق آموزش و پرورش، مجوز تأسیس پـژوهش سـرا را از سازمان آمـوزش و پرورش درخواست می نمایند و سازمان، بعد از بررسی های لازم، در صورت تأیید درخواست های واجد شرایط، جهت صدور مجوز نهایی تأسیس برای هر یک از پژوهش سراها هماهنگی لازم را با دفتر آموزش و پرورش نظری و پیش دانشگاهی به عمل خواهد آورد.
2 ـ معاونت آموزش و پرورش نظری و مهارتی سازمان با موافقت رئیس سازمان ، مناطق مورد نظر برای تأسیس پژوهش سراها را معین و پس از برآورد اعتبارات و هزینه های تجهیز مورد نیاز و تامین فضای فیزیکی لازم، میزان توان سازمان را برای تأسیس بر طبق فرم های شماره ( 1 و 2 ) به دفتر آموزش و پرورش نظری و پیش دانشگاهی اعلام می نمایند.
3 ـ دفتر آموزش و پرورش نظری و پیش دانشگاهی پی از بررسی فرم های حاوی اطلاعات خواسته شده در خصوص انطباق شرایط پیشنهادی سازمان های آموزش و پرورش برای تأسیس با معیارها و ضوابط تعیین شده، اعلام نظر می فرماید؛ به گونه ای که تأسیس و توسعه این مراکز در سراسر کشور متناسب با جمعیت دانش آموزی متوسطه استان ها و مناطق و نیز رعایت اولویت مناطق محروم باشد.
 
ج ) شرایط و امکانات
1 ـ سازمان آموزش و پرورش متقاضی تأسیس پژوهش سرا باید علاوه بر تأمین و معرفی ساختمان مناسب و نیروی انسانی مورد نیاز، حداقل نیمی از هزینه های تجهیز و راه اندازی را بر طبق فرم شماره ( 3 ) از منابع استانی تعهد و تأمین نماید. معاونت آموزش و پرورش نظری و مهارتی وزارت نیز حداکثر معادل نصف هزینه های مذکور را در صورت وجود اعتبار تقبل خواهد کرد.
2 ـ فضای فیزیکی برای تأسیس پژوهش سرا باید دارای امکان استقرار کتابخانه، آزمایشگاه، کارگاه رایانه، حداقل 3 کلاس درس، سالن مطالعه، نمازخانه، محل استقرار دبیران و اساتید، مدیریت و دیگر عوامل اجرایی باشد و در موقعیت مکانی مناسب قرار داشته بـاشد؛ بـه گونه ای که دسترسی و آمد و شد دانش آموزان به محل آن سهل باشد.
 
د ) نحوه اداره پژوهش سراهای دانش آموزی
1 ـ پـست های سـازمانی پـژوهش سـراهای دانـش آموزی بر اساس اساسنامه مربوط از محل پست های سازمانی آزمایشگاه های مرکزی به شرح تامین می گردد:
الف ) مسئول مرکز با عنوان کارشناس مسئول پژوهش سرای دانش آموزی و آزمایشگاه مرکزی؛
ب ) مسئول واحد آموزشی با عنوان کارشناس آزمایشگاه؛
ج ) مسئول واحد پژوهش با عنوان کارشناس آزمایشگاه؛
د ) مسئول واحد پشتیبانی با عنوان کارشناس آزمایشگاه؛
هـ ) خدمتگزار، سرایدار.  
2 ـ مسئول پژوهش سرا از بین دبیران علاقه مند، با تجربه و آشنا به امور تحقیق و پژوهش و برخوردار از مقبولیت لازم به پیشنهاد معاون آموزش آموزش و پرورش نظری و مهارتی منطقه و با ابلاغ رییس اداره منصوب می گردد.
3 ـ هـر یــک از مــسئولین واحد های آموزشی، پژوهشی و پشتیبانی از بین دبیران مجرب ، علاقه مند و آشنا به امور پژوهشی، به پیشنهاد مسئول پژوهش سرا و پس از تأیید و صدور ابلاغ توسط معاون آموزش و پرورش نظری و مهارتی منطقه زیر نظر مسئول پژوهش سرا فعالیت می نمایند.
4 ـ مقررات داخلی پژوهش سرا در خصوص نحوه استفاده از سایر همکاران به صورت غیر موظف، عضویت دانش آموزان، انضباط داخلی و نیز سایر مواردی که رعایت آن در ارایه کیفی برنامه ها مؤثر است، توسط مسئول پژوهش سرا تهیه و بعد از تصویب کمیته برنامه ریزی منطقه لازم الاجرا خواهد بود.
5 ـ پژوهش سرای دانش آموزی در ایام هفته دایر خواهد بود و مسئول پژوهش سرا باید به گونه ای برنامه ریزی نماید که دانش آموزان دختر و پسر به صورت مجزا در ایام هفته بتوانند از امکانات پژوهش سرا استفاده نمایند.
 
هـ ) شرایط پذیرش دانش آموزان
1 ـ مـناطق آموزش و پرورش محل تشکیل پژوهش سراها نسبت به تبیین اهداف و برنامه های پژوهش سرا برای دانش آموزان، اولیاء و دبیران واحدهای آموزشی متوسطه به نحو متقضی و با استفاده از رسانه های محلی اقدام نمایند.
2 ـ مـناطق آمـوزش و پـرورش از طـریق تـشکیل جلسات با مدیران واحدهای آموزشی متوسطه و گروه های آموزشی، برای اتخاذ شیوه های مناسب جلب و جذب دانش آموزان به پژوهش سراها بر طبق ماده ( 9 ) اساسنامه اقدام می نمایند.
3 ـ مسئول پژوهش سرا می تواند به منظور تقویت روحیه مشارکت دانش آموزان، با تصویب کمیته برنامه ریزی منطقه، مبلغی را به عنوان حق عضویت از دانش آموزان دریافت نماید.
4 ـ دانش آموزان دوره متوسطه و نیز دانش آموزان دوره پیش دانشگاهی در صورتی که واجد یکی از شرایط زیر باشند، می توانند به عضویت پژوهش سرا پذیرفته می شود و از امکانات آن استفاده نمایند:
الف ) دانش آموزانی که به تشخیص شورای دبیران واحد آموزشی از توانایی، استعداد و علاقه به مطالعه و تحقیق برخوردار باشند.
ب ) دانش آموزانی که در مسابقات علمی، فرهنگی و هنری، تحقیقاتی و آزمایشگاهی موفق به اخذ رتبه شوند.
ج ) دانش آموزان واجد شرایط شرکت در کلیه مراحل جشنواره خوارزمی و المپیادها.
د ) دانش آموزانی که در هر پایه و رشته تحصیلی دارای رتبه های اول تا پنجم در سطح مدارس باشند.  
تبصره : دانش آموزان دوره راهنمایی که علاقه مندی قابل توجهی به فعالیت های پژوهشی داشته باشند، با هماهنگی کمیته برنامه ریزی منطقه و پس از تصویب و معرفی شورای معلمان می توانند به عضویت پذیرفته شوند.
 
و ) اعتبارات
1 ـ مطابق بند ( 5 ) از قسمت « ب » ماده ( 5 ) اساسنامه ، اعتبارات مورد نیاز سالانه هر یک از پژوهش سراهای دایر در استان برنامه های مصوّب هر یک از پژوهش سراها توسط شورای برنامه ریزی پژوهش سراهای استان تصویب و ابلاغ می شود . تعیین منابع مالی و تأمین اعتبارات مذکور توسط سازمان آموزش و پرورش انجام می شود.  
2 ـ هزینه های جاری مرکز از منابع داخلی استان و با تصویب شورای آموزش و پرورش استان و مناطق تأمین خواهد شد.
3 ـ میزان و نحوه پرداخت حق الزحمه عواملی که بنا به ضرورت به صورت غیر موظف با پژوهش سرا همکاری می نمایند، بنا به پیشنهاد مسئول مرکز و پس از تصویب کمیته برنامه ریزی از محل اعتبارات مناطق قابل پرداخت می باشد.
4 ـ تخصیص اعتبارات ستادی صرفاً برای مرحله تأسیس و تجهیز پژوهش سراها انجام می پذیرد؛ منوط به این که تعهدات سازمان آموزش و پرورش نیز در این خصوص و تأمین هزینه های بعدی محقق شود.
 
ز ) نظارت و ارزشیابی
1 ـ مـعاونت آمـوزش و پـرورش نـظری و مـهارتی اسـتان، نظارت بر حسن انجام فعالیت های پژوهشی سراها را به عهده خواهد داشت. لازم است این معاونت از عملکرد هر یک از پژوهش سراها بر اسـاس معیارهایی که هر سال از سوی دفتر آموزش و پرورش نظری و پیش دانشگاهی اعلام خواهد شد، ارزشیابی دقیق علمی به عمل آورده و گزارش آن را به شورای برنامه ریزی پژوهش سراهای استان ارایه نماید.
2 ـ سازمان آموزش و پرورش نظری و مهارتی استان موظف است در پایان هر سال، گزارش جامعی از برنامه ها و فعالیت های پژوهشی و آموزشی و نتایج ارزشیابی از عملکرد هر یک از پژوهش سراها را به دفتر آموزش و پرورش نظری و پیش دانشگاهی ارایه نماید.
 
ح ) سایر موارد اجرایی که در این شویه نامه به آن ها اشاره نشده است، بعد از تصویب شورای برنامه ریزی پژوهش سراهای استان و با هماهنگی دفتر آموزش و پرئرش نظری و پیش دانشگاهی قابل اجرا خواهد بود.